Dopo alcuni secoli dalla sua costruzione, prima come semplice casa di campagna per il controllo dei tenimenti agricoli, poi come dimora patrizia per la villeggiatura, la villa passa per motivi ereditari dalla famiglia Frigimelica alla famiglia Estense Selvatico, anch'essa di antica nobiltà padovana.
Nel 1786, a seguito della morte di Antonio Frigimelica, ultimo discendente di questa stirpe, i suoi beni in Codiverno vengono ereditati dalla sorella Maddalena, sposata con Alvise Selvatico, e quindi giungono in mano ai figli di lei. All'epoca si trattava di una grande proprietà di ben 750 campi, con villa padronale e case coloniche, ed altri piccoli poderi sparsi nei paesi limitrofi.
Verso la fine del 1700 viene effettuato un significativo restauro ed ampliamento della villa, come indicato nella lapide situata sotto lo stemma dei Selvatico che si trova sulla facciata nord, che riporta l'incisione “Restauravit et auxit A.D. MDCCXCII”.
Un disegno del 1799 del pubblico perito Antonio Rossi, eseguito per commissione di Mons. Giovanni Andrea Estense Selvatico (Archivio di Stato Venezia), rappresenta la villa con i corsi d’acqua che la circondano e con il molino detto delle Quattro Ca’, dandocene una rappresentazione del tutto simile all’attuale.
Gli Estense Selvatico rimangono in possesso della Villa fino alla metà degli anni ‘30 del 1900, quando nel giro di pochi anni passa di mano due volte e viene infine, nell’anno 1951, acquistata insieme alla circostante azienda agricola dalla famiglia da Porto, originaria di Vicenza.